TCGA癌症临床数据资源全盘介绍---癌症研究领域的全谱！

2006年，肿肿症DNA上记事（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划以多形持续性粘液母巨噬细胞肿（GBM）、肺脏结节巨噬细胞肿肿（LUSC）和子宫粘液持续性囊腺肿肿（OV）开始年初份3年的试点工程项目，2009年~2015年年初展开。到工程项目截止，TCGA的网络深入研究工只用者已描绘了33种肿肿症各种类型10,000余可有病患的小分子特性，并定义了很多小分子亚型。TCGA包含的药理学关键特性代详见本土派化的人口统计数据采集。为确保正确用只用这些更有DNA特性的巨量药理学人口统计数据，最近TCGA收尾一批重大成果，发详见在CellPress旗下的刊物。

本文对4年初5日发详见Cell上的一文展开载入。文中总结以OS（总存活期）、PFI（无困难重重每隔）、DFI（无患每隔）和DSS（疾患无关存留）为四个主要药理学结果往南的TCGA本土派肿肿症药理学人口统计数据自然资源（TCGA-CDR）规格化检索，并所述了每种肿肿症各种类型的往南用只用要求。TCGA药理学人口统计数据可从DNA人口统计数据共享生活空间（GDC）门户网站App，所有的小分子人口统计数据在App。药理学人口统计数据和小分子人口统计数据用只用同样的列印内部结构，便于病患的药理学数据资料和抽取小分子人口统计数据结合。

TCGA本土派肿肿检索缓冲区特性

上图1A为药理学人口统计数据结合和一新方式及4个主要药理学往南相异和评量的流程上图,对33份初始提出申请和97份后续人口统计数据文件，共33种肿肿症各种类型111,60可有肿肿症病患的数据资料展开了妥善处理。详见1为每个TCGA缓冲区的都是。按原发抽取根据小分子特性选中每个缓冲区，脸部黑色素肿（SKCM）的原发和移往灶两种各种类型都有，其它极少数的原发与移往各种类型也有深入研究。

上图1. 药理学人口统计数据结合和一新方式及4个主要药理学往南相异和评量流程上图

详见1. TCGA 本土派肿肿缓冲区特性

药理学结果往南OS、PFI、DFI和DSS

总存活期（OS）很关键，优点是定义OS流血事件时模糊持续性最少。但用只用OS只用往南不想像中可能削弱药理学深入研究，因为非肿肿自杀身亡不一定能再现出生物学、首当其冲持续性或对疗法大大降低。用只用OS或必需较长的随访整整；很多药理学试验里，并不一定采用相较随访整整较长的DFI或PFI。针对原有TCGA药理学人口统计数据，要坚信短时药理学随访每隔在首当其冲持续性肿肿症各种类型结果的关键持续性，因为不想像中可能几年内就仔细观察到药理学流血事件，在丧生在此之前已浮现患情住院或困难重重。对首当其冲持续性较弱的肿肿症各种类型，病患在数十乃至几十年后住院，随访过后不想像中可能无法仔细观察足以流血事件以全力支用者合理结果专供判断。该人口统计分析的目的是核查TCGA本土派肿肿药理学检测的相较战术上和过剩，聘请更进一步的人口统计分析和防止随访每隔整整过剩等缺陷。

人口统计分析全部TCGA药理学人口统计数据后，推论如下：在人口统计数据可赢得时，OS、PFI及DFI相较精确，但大部份情况下只能据估计DSS。上图1B为33种完全相同肿肿症各种类型的OS K-M双曲线。尽管存活人口统计分析不是TCGA主要期望，大部份肿肿症各种类型存活双曲线与依然评量相同存活往南的独立国家深入研究基本相同，GBM、OV（2008, 2011）和低档次粘液肿（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好同时代。PFI、DFI和DSS的K-M双曲线见上图1C–1E。

上图1 B-E药理学人口统计数据人口统计分析

基于每种肿肿症各种类型4个往南的仔细观察整整计算平均随访整整及流血事件或核查的里位整整（详见2）。所有的里位随访整整为22.1个年初，但完全相同各种类型肿肿症该整整输别非常大；GBM和急持续性髓系白血患（LAML）最短约12个年初，而肝嫌色巨噬细胞肿肿（KICH）最长约48个年初。

详见2 总体里位随访整整及4个往南的流血事件与仔细观察里位整整

录用用只用的药理学结果往南

药理学结果往南选择各有不同深入研究期望、流血事件存量、缓冲区大小和结果人口统计数据恒星质量。将这些方式和共同开发的其它方式只用为对单个疾患检索的试验里和补足核查，所述在每种疾患各种类型里用只用每个结果往南的要求及可能（详见3）。每种肿肿症各种类型的存活往南能够将近通过一个主要试验里和补足核查才被遵从。33种肿肿里的13种用只用全部4个往南：尿道尿路上皮肿肿（BLCA）、宫颈结节巨噬细胞肿肿（CESC）、结肠肿肿（COAD）、食管肿肿（ESCA）、外周结节巨噬细胞肿肿（HNSC）、肝状巨噬细胞肿肿（KIRP）、肺脏腺肿肿（LUAD）、LUSC、OV、胰腺肿肿（PAAD）、肉肿（SARC）、食道腺肿肿（STAD）和子宫内膜肿肿（UCEC）。相反，很难一个往南的有嗜铬巨噬细胞肿和副神经节肿（PCPG）。淋巴有如大B巨噬细胞遗传病（DLBC）、LAML和胸腺肿（THYM）将近一个往南；剩余肿肿症各种类型2或3个往南，但其里一些用者保留观点。最合理的是PFI，可无保留地录用给除LAML（无人口统计数据）、DLBC和KICH（慎重用只用）和PCPG（不录用）外的4种。

详见3 往南OS,PFI,DFI及DSS的评量与录用用只用

检验TCGA-CDR及案可有应用领域

在乳腺肿肿深入研究里，雌激素ER阴持续性病患药理学存活期肾功能比ER+病患输。分别用OS、PFI、DFI和DSS尤其这两类病患的存活期（上图3A–3D；双曲线截止于10年随访整整，但用只用整个检索展开人口统计分析）。单考量人口统计分析表明，用只用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）只用为药理学往南，TCGA里ER+乳腺肿肿病患比ER-病患有能够的存活期，但用只用OS时两类病患间不存有输别(p = 0.097) 。此外，两类病患的DSS（p = 0.009）有突出输别，详见明DSS的潜在重要性。以上辨认出得出推论了PFI和DFI是特定各种类型乳腺肿肿小分子深入研究的适宜往南。

上图3 检验和应用领域模板

此外还检验了首当其冲持续性GBM存活结果往南。TCGA里GBM里位OS为12.6个年初，介于此在此之前引述的规格疗法的12.1个年初和规格疗法牵头替莫唑胺的14.6个年初错综复杂。里位PFI是6.1个年初，介于此在此之前引述的规格疗法5个年初和规格疗法牵头替莫唑胺的6.9个年初错综复杂。显然，TCGA检索OS和PFI流血事件整整与手抄本赞同。再度印证OS和PFI只用为GBM小分子深入研究的药理学往南效度。

用Cox比可有不想像中可能性回归框架权衡到高期（III、IV期）相较低期（I、II期）肿肿症病患的不想像中可能性比（HR），检验4个往南的TCGA-CDR人口统计数据。由于DFI定义与其它结果的定义不赞同，对录用用只用OS、PFI和DSS的14种各种类型肿肿症尤其logHR（详见3）。随后将近对权衡到Cox比可有不想像中可能性也就是说的疾患展开人口统计（上图3E–3G）。结果详见明，14种各种类型肿肿症里，除间皮肿（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素肿（UVM）外，高期对比低期HR在3个录用往南OS、PFI及DSS上明显太低。采用选取抽取的Wilcoxon秩和鉴定，当用只用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测算时，logHR有突出输别，表明疾患困难重重和存活往南在HR上存有系统会偏输；OS与DSS错综复杂很难突出输别（p = 0.106）。对2个logHR数值的规格误传展开当此加权平均权衡到Pearson无关系数， 由logHR据估计的3种结果有极突出正无关：PFI和OS无关系数0.96（95%置信区间[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区间：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区间：0.61–0.98）。这些无关持续性潜在全力支用者药理学早期用PFI，早期用OS和DSS继续做往南。

除了结合小分子人口统计数据，还在此之后人口统计分析首次疗法后无患病患与非无患病患应该浮现完全相同的一新流血事件。TCGA-CDR里29类肿肿症电子邮件用于应付该难题，纳入病患从病症到收尾首治并达到无患状况将近存留3个年初。以LUSC为可有，有289可有无患病患和41可有长期非无患病患，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比可有不想像中可能性回归框架，辨认出在非无患病患里NTE不想像中可能性突出极低无患病患（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR更改q数值＜0.05）。在另外21种肿肿症各种类型里也有相似结果（详见4）。余下7种里很难仔细观察到这些输别。我们也在评量应该每个框架都权衡到比可有不想像中可能性也就是说，其里有两个不符合，能够深入研究整整依赖及多给定框架来寻找可能。

详见4 非无患与无患病患NTE拓展对比

TCGA从全球数百个条线路采集患可有，为应付药理学人口统计数据完全相同条线路间的可比持续性，必需权衡人口统计数据完整持续性、和病患特性等。对每种疾患而言，我们对比了在此之前两名提专供患可有数最多的有组织不想像中可能条线路（TSS）与所有其它TSS的同种疾患及4个结果往南（详见5）。

详见5 对来自在此之前两位TSS的每个肿肿症各种类型深入研究结果展开尤其

对于GBM等极更有首当其冲持续性的，在此之前两位TSS（#1和#2）的发病患群与其它TSS相较于相似的有OS、PFI和DSS，因流血事件想像中少难于人口统计分析不录用DFI继续做往南。BRCA等低首当其冲持续性，顺势录用用只用PFI和DFI，但要求慎重用OS或DSS评量。TSS #1的药理学人口统计数据造成了不想像中好的OS和DSS，但很难仔细观察到PFI输别；另外，详见面上TSS#1有能够的DFI结果，将近浮现3可有 DFI流血事件。这种详见里不一的现象详见明该条线路的结果人口统计数据必需更进一步评量。另一不足之处，TSS #2的4个往南结果与其它之外赞同。

这个简单的结果尤其详见明，当从特定结果人口统计分析整体TCGA的药理学人口统计数据时，能够权衡TSS的更有体电子邮件。由于年龄组、分期/分级及疗法等考量制约完全相同TSS患病患群的往南结果，TSS可以只用为这些和不完全药理学编者等其它未测算输别的替代。

潜在的参杂考量、竞争持续性结果的

不想像中可能性及框架也就是说

对药理学存活往南人口统计分析来说，要求用只用所妥善处理的全部药理学人口统计数据。但相较于小分子/DNA人口统计数据的结合人口统计分析，要提醒两个不足之处。首先，录用观点基于弧存活框架，以小分子亚型只用也就是说遗传物质划分抽取集，有不想像中可能破坏结果人口统计的突出持续性输别。因此，从互无关联的TCGA小分子人口统计数据或亚型TCGA-CDR结果人口统计数据里得出的推论必需在独立国家的检索里更进一步得出推论。

第二，我们要求将近用只用原发的小分子人口统计数据，因为病患初诊时，关键整整电子邮件等也就是说的药理学人口统计数据已采集相较完整。脸部黑色素肿（SKCM）在TCGA各种类型里非常一般来说，470可有里将近103可有原发，其余296可有为原发局部淋巴结移往，68可有远端移往。这与常常采集到移往肿的其它TCGA肿肿症各种类型形成鲜明对比。SKCM移往肿常常更有有也就是说的原发，而其它TCGA肿肿症各种类型尽管常常有移往肿，但都更有有也就是说的原发抽取。因此，对于SKCM结果的无关持续性，要求只用只用有限存量的原发患可有，尽管SCKM淋巴结移往的III期患可有可只用为独立国家组群展开深入研究。

在用只用一新结合的TCGA-CDR检索时，还能够提醒：潜在混用考量、竞争持续性结果的不想像中可能性及框架也就是说。

参杂考量

参杂考量存有但被权衡在框架以外时，偏输不想像中可能高估或忽略真实。如在乳腺肿肿的白人输别深入研究里，白人与奴隶主病患错综复杂存有关键的基因详见达输别，然而根据小分子亚型展开更改后，这种输别突出减缓甚至销声匿迹。治果也是潜在的参杂考量，当电子邮件可换取时应适当权衡更改。疗法确实时，年龄组、诊治医务人员及病症年年初等规格疗法只用为替代电子邮件能减缓之外误传输。对这不足之处的决策建模，积极用只用多种类型肾功能深入研究要求报告（REMARK）。

竞争持续性结果的不想像中可能性

测定DSS、DFI和PFI往南时，要对很难经历关键流血事件且无患的丧生病患展开审查。在这种情况下，如果也就是说病患很难其它自杀身亡，那她/他最终仍不想像中可能死于肿肿症指征。然而，在据估计疗法等也就是说遗传物质对继发持续性肿肿症或心血管疾患等非指数肿肿症丧生不想像中可能性的也就是说能力时，该也就是说十分可取。

框架也就是说

应用领域Cox比可有不想像中可能性（PH）框架须要核查PH也就是说。尚有案可有外，大大部份框架都权衡到Cox PH也就是说，但必需更进一步探索这些个案以找出抵触也就是说的可能，从而对HR继续做出更正确地的据估计。尽管早已为修整人口统计数据和应付难题付出了巨大努力，但仍存有关键的用只用限制，访问TCGA药理学人口统计数据都须要了解这些限制。

首先，TCGA主要是为小分子深入研究结构设计，在此之后患可有选择来自多个政府部门更有有适宜库存有组织的未疗法原发患可有，因此这些患可有不包含连续持续性。此外，对于每种完全相同各种类型/深入研究，随访人口统计数据很难统一采集。同时，药理学人口统计数据采集的一些规则在依然不得不随着整整的很短而改变。TCGA - CDR不包含肿肿症疗法史，并非所有患可有都被编者。因此，人口统计分析特定各种类型或亚型的疗法背景强于各地区持续性本土派肿肿人口统计分析。当病患展开更有体疗法时，受益能用DFI和PFI往南有效人口统计分析。

其次，TCGA抽取药理学随访根据当地托儿所的整整详见，不想像中可能为疾患或特定肺脏的住院和病患关键生命状况的记录，因此很难TCGA登录的药理学随访计划，将近所述工程项目主要强调的小分子特性。

仍要，完全所有TCGA赢得的抽取和DNA及小分子人口统计数据来自一新诊病患原发的单个切片，由此造成了的DNA和小分子人口统计数据不能在生活空间或整整任何不足之处清楚捕捉代详见另一病患结果给定的异质持续性。该难题不是TCGA相异的，任何快照原发持续性深入研究都存有。

展望

这项工只用是有史以来第一次年初系统会性妥善处理TCGA本土派肿肿药理学数据资料。由此造成了的TCGA-CDR的结果往南与独立国家非TCGA深入研究结果赞同，说明该自然资源在空在此之前现有的药理学微小上提专供了生物观测一新视角。也要坚信TCGA-CDR的内在用只用局限持续性及关键持续性聘请和录用观点。早已非常模棱两可，进化疾患更进一步大现有的小分子深入研究须要系统会性采集药理学患理、疗法和转归流血事件人口统计数据，以坚用者最高规格的药理学深入研究。尽管有其局限持续性，TCGA-CDR提专供了规格化检索，以及清晰的4个药理学结果往南导出，并应付了恒星质量难题，从而在本土派肿肿和生物体水平上展开转化深入研究。更进一步人口统计数据深入研究的融合将提高结果错综复杂的可比持续性，能够地表述和全力支用者重复。

参考数据资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics